一般制藥廢水的水質體征使得大多數制藥廢水只需單獨選擇生化法處理根柢無法合格，因此在生化處理前一定要進行重要的預處理。一般需求設置調度池，調度水質水量和PH，而且需求根據實際情況選擇某種物化或許化學法作為預處理工序，來下降水中的SS、鹽度和部分COD。將廢水中的生物克制性物質下降，繼而前進廢水的可降解性，用于廢水的后續生化處理。

       預處理后的廢水，需求根據其水質特征來選擇某種厭氧和洽氧工藝進行處理，假使出水要求較高，好氧處理工藝還需求進行處理。關于詳細的工藝選擇需求考慮廢水的性質、工藝處理作用還有基建投資和運轉保護等要素，可以做到技術可行，經濟合理?？偟墓に嚨缆房梢苑譃轭A處理-厭氧-好氧-（后處理）組合技術。

       選擇水解吸附-接觸氧化-過濾組合工藝來處理含人工胰島素等的概括制藥廢水，在之后的處理出水水質可以抵達GB8978-1996的一級標準。選擇氣浮-水解-接觸氧化工藝可以處理化學制藥廢水、復合微氧水解-復合好氧-砂濾工藝來處理抗生素廢水，還有選擇氣浮-UBF-CASS工藝來進行處理高濃度中藥提取廢水等都具有很好的處理作用。